กองตรวจสอบภายใน ขึ้นตรงต่อสภาสถาบัน แบ่งส่วนราชการภายในเป็น 3 ส่วนงานหลัก คือ ส่วนบริหารงานทั่วไป ส่วนตรวจสอบ 1 และส่วนตรวจสอบ 2